Als het aan Sigourney Weaver lag in elk geval niet. Ze had in september '92 van de daken geschreeuwd dat Alien 4 er kwam, maar dat het zonder haar medewerking zou zijn. De partners achter Brandywine en de kaderleden bij Fox gingen op zoek naar een waardige schrijver die het er hopelijk beter van af zou brengen dan het dozijn sukkelaars dat aan Alien3 had gewerkt. Eén van de drijvende krachten achter Alien Resurrection werd Fox-kaderlid Jorge Sarelegui. Hij koos omstreeks de helft van 1993 persoonlijk de scenarioschrijver uit voor de nieuwste aflevering in de serie: Joss Whedon, een kereltje dat voor Fox al succes had behaald met Speed en Buffy, The Vampire Slayer. Hij werd gekozen op basis van Buffy: hiermee had hij bewezen in staat te zijn een scenario te schrijven rond een ass-kicking heroine. Whedon werkte een eerste treamtment uit zonder Ripley. In deze versie van het verhaal werd een oudere, gekloonde Newt de heldin van het verhaal die Alien 4 met de voorgaande films moest linken.
Fox zag het potentieel in 's mans schrijfels, en Whedon werd officieel in dienst genomen om het script van Alien Resurrection te schrijven. De onderhandelingen over het verhaal duurden liefst anderhalf jaar. Aan het begin van 1995 zette Whedon zich achter zijn tekstverweker. Hij ontkrachtte in de media verschillende roddels: Alien3 was geen droom, en neen, Alien 4 speelde zich niet af op de aarde. Wat wel zeker was, was dat Fox een beetje nerveus was een Alien-productie te maken zonder Sigourney Weaver, en daarom handelde de treatment die Whedon moest uitschrijven over het klonen van de populaire heldin.
Whedon zelf had echter nauwelijks vertrouwen in het project: Fox plaatste de film niet eens op de Development Slate, er was geen regisseur aangeduid en Sigourney Weaver was niet eens gecontacteerd. Whedon had iets van een paniekreactie: de toekomst van de gigantische franchise, waar hij al jaren een grote fan van was, rustte integraal op zijn schouders. Hij hield het hoofd koel en ging aan de slag. Als grootste inspiratiebronnen vermeldt Whedon nu The Evil Dead (voor de niet aflatende terreur; in deze film wordt de kijker geen enkele adempauze gegund) en The Poseidon Adventure. Want Alien Resurrection is feitelijk een rampenfilm: na het uitbreken van een horde Aliens moeten Ripley en co. de andere kant van een gigantisch ruimtestation zien te bereiken, waar hen een reddingssloep wacht. Maar om daar te geraken, moeten ze heel wat gevaren overbruggen, waaronder een overstroomde keuken.
Op kousevoeten trok Fox naar Sigourney Weaver en begon enthousiast over het uitstekende verhaal dat ze hadden voor Alien 4. Weaver reageerde aanvankelijk niet erg geïnteresseerd, maar ging uiteindelijk akkoord het script te lezen. Ze hoorde zes maanden niet meer van Fox en dacht dat het project in het water was gevallen. Joss Whedon werkte zijn script af in november '95, en wachtte geduldig op een antwoord van Fox. De studio vond Alien Resurrection geslaagd en probeerde het project van de grond te krijgen. In januari 1996 deelde Fox aan een ademloze wereld mee dat Alien Resurrection officieel in development was, en dat er onderhandelingen met Sigourney Weaver aan de gang waren. Later in januari bevestigde Fox dat Winona Ryder als eerste voor een belangrijke rol had getekend (wat de oorsprong was van geruchten dat ze Weaver zou vervangen) en dat film in de lente of zomer van 1997 in roulatie zou komen.
Achter de schermen begon de zoektocht naar een geschikte regisseur. Vele namen passeerden de revu: Geoff Murphy (Freejack), Steven Soderbergh (Kafka), Mick Garris (Sleepwalkers), Wes Craven (A Nightmare On Elm Street), John Carpenter (Halloween) en George Romero (Night Of The Living Dead) werden allen genoemd. Op een bepaald moment, vroeg in 1996, bleek de grootste kanshebber Danny Boyle, wiens Trainspotting op dat moment in gereedheid werd gebracht voor een wereldwijde release. Uiteindelijk kwam ook Sigourney Weaver officieel aan boord, en tekende voor liefst 11 miljoen dollar. Voor het budget van de film werd een flinke 70 miljoen dollar overeengekomen.
In februari kreeg Alien Resurrection alsnog een tegenslag te verwerken: hoewel hij het script goed vond en een aantal positieve ontmoetingen had gehad met Weaver, bedankte Danny Boyle vriendelijk voor de eer. Hij vreesde dat zijn persoonlijke inbreng in een grootscheeps studio-project als Alien Resurrection nihil zou zijn. Boyle koos ervoor in de plaats A Life Less Ordinary draaien, met Ewan McGregor en Cameron Diaz. Hierdoor werd de productie van Alien Resurrection zes maanden uitgesteld. Ryder was echter zodanig enthousiast over de prent, dat ze systematisch alle toekomstige projecten verder voor zich uit schoof, zodat ze in elk geval Alien Resurrection kon maken.
Er werd op zoek gegaan naar een nieuwe regisseur. Nu en dan dook er een naam op van een nieuwe kanshebber. Marco Brambilla (Demolition Man), David Cronenberg (The Fly), Paul Anderson (Mortal Kombat), Anthony Waller, ja zelfs James Cameron werd genoemd. Halverwege de maand april kwam het bericht binnen dat de Franse regisseur Jean-Pierre Jeunet (Delicatessen, La Cité des Enfants Perdus) had getekend voor de regie van Alien Resurrection. Een verrassende keuze; Jeunet had immers ooit beweerd nooit een Amerikaanse film te zullen maken. Maar de Alien-reeks, waar ook hij altijd een grote liefhebber van was geweest, was buiten de waard gerekend. Jeunet verklaarde achteraf erg verbaasd te zijn geweest wanneer het telefoontje van Fox binnenkwam. Jeunet vloog naar Los Angeles en was er zeker van dat de gesprekken tot niets zouden leiden. De ontmoetingen met Weaver en Ryder bleken echter zodanig positief dat zowel Fox als Jeunet geestdriftig hun handtekening onder het contract zetten. Alien Resurrection had een regisseur.
In tegenstelling tot de eerste drie afleveringen, koos Fox ervoor Alien Resurrection integraal te draaien op de soundstages in Los Angeles. De opnames hoorden van start te gaan in september 1996, met tijd voor een paar weken repetities in augustus. In juli deelde Amalgamated Dynamics, het bedrijf van Tom Woodruff Jr en Alec Gillis (Alien3) mee dat het de creature effects van Alien Resurrection op zich nam. Darius Khondji (Se7en), een oude vriend van Jeunet, was verantwoordelijk voor de fotografie, Nigel Phelps (Batman) voor de production design en Jeunets makker Herve Schneid (Europa) voor de montage. Het werd echter duidelijk dat de préproductie iets meer tijd dan gepland in beslag zou nemen, en de aanvang van de opnames werd uitgesteld tot november 1996.
In de maanden september en oktober werden de belangrijkste bijrollen gecast. Er werd onderhandeld met Ed Harris, Peter Coyote en Gabriel Byrne, maar uiteindelijk kregen Ron Perlman en de Fransman Dominique Pinon, die Jeunet allebei kende van La Cité des Enfants Perdus, de belangrijkste mannelijke rollen. Ook Michael Wincott, Brad Dourif, Dan Hedaya, J.E. Freeman, Kim Flowers, Raymond Cruz, Leland Orser en Gary Dourdan tekenden in deze periode voor Alien Resurrection. Ten slotte werden het bedrijf Blue Sky en componist John Frizzel ingelijfd voor respectievelijk de special effects en de score.
In november werd het echter duidelijk dat film nooit zou klaargeraken voor de grote concurrent Starship Troopers, en de release werd uitgesteld naar augustus 1997. Ondertussen gingen in Los Angeles de opnamen van start. Het was duidelijk dat het script geen Bijbel was: Jeunet volgde zijn instinct en verandere hele scènes en dialogen naar eigen goeddunken. Zo werd het personage Yost, dat Whedon had geschreven met Chow Yun Fat in het achterhoofd, volledig geschrapt. Er bleven echter hardnekkige geruchten opduiken dat de sfeer op de set te wensen overliet: vooral tussen Weaver en Jeunet zou het niet klikken; de twee zouden op een bepaald moment zelfs niet meer met elkaar spreken. Later lachte Weaver deze roddels weg. De opnames van Alien Resurrection waren wat haar betrof de meest aangename van de vier films. Er was één dag waarop het haar allemaal wat te veel werd, gaf ze schoorvoetend toe: ze was uitgeput, voelde zich onwel en de talenbarrière eiste haar tol. Die dag verliet ze de set tweemaal, voor ongeveer één minuut.
Na de opnamen begon Fox de film in verschillende stadia van afwerking te draaien voor een testpubliek. De bijzonder positieve reacties van de toeschouwers gaven de studio een immens vertrouwen in de prent: de releasedatum werd verschoven van september naar november, vlak tegenover Starship Troopers. De finale datum werd vastgelegd op woensdag 26 november, een dag voor Thanksgiving. Het brainstormen over Alien 5 kon beginnen.