Voor de film had Mark Snow aanzienlijk meer tijd en geld ter beschikking dan voor een gemiddelde tv-aflevering. Alhoewel het sporadisch gebeurde dat Mark Snow een akoestisch instrument inhuurde om bepaalde effecten te bereiken, bleef de muziek van de serie in hoofdzaak het product van synthesizers en computers. Vaak kwamen er niet eens partituren aan te pas, maar improviseerde Mark Snow op beeld met allerhande geluiden, samples en gesynthesizeerde klanken.
Voor de film veranderde dat. Niet alleen had hij meer dan drie maanden de tijd om de muziek te schrijven (in tegenstelling tot zes dagen voor een tv-aflevering), ook had hij de beschikking over een compleet symfonieorkest. Dat was ook al het geval toen Snow de muziek componeerde voor de mini-tv-serie 20,000 Leagues Under the Sea, en bij de X-Film treffen we dan ook een gelijkaardige score aan, waarbij de klemtoon duidelijk ligt op het orkestrale aspect van de partituur, maar tegelijk trouw blijft aan de oorspronkelijke elektronische atmosfeer van de tv-serie.
De film opent niet met dezelfde openingsmontage als een tv-aflevering. Voor de begingeneriek moest Mark Snow dus een nieuw filmthema bedenken op basis van het oorspronkelijke thema. Het nieuwe, percussiegedreven openingsthema dat ook (deels) over de aftiteling aan het eind is te horen, is een broeierig, spannend stuk beheerste muziek waarbij het oorspronkelijke thema slechts een cameo-appearance maakt: te kort om uitgewerkt te worden, maar lang genoeg om de herkenbaarheid zijn werk te laten doen.
Heel grappig is hoe Snow het viernotig openingsmotief van de X-Files als terugkerend motief in de film gaat gebruiken, een techniek die hij nog nooit eerder - behalve dan in de parodische episode Jose Chung's From Outer Space - gebruikte. De rest van de score legt vooral de klemtoon op de spanningselementen in het verhaal: het ijsactiethema lijkt wel zo uit de finale van Aliens te komen en ook het door James Horner voor Titanic gebruikte hoornmotief uit Capricorn One van Jerry Goldmsith maakt zijn opwachting.
Tot de beste stukken muziek op de cd horen de atmosferische synthesizermelodieën die Snow componeerde voor de intiemere momenten van de film. Die tracks doen het meeste terugdenken aan de originele muziek van de tv-serie.
Van de X-Filesfilm zijn twee soundtracks verschenen, één met een verzameling songs die stuk voor stuk enkele seconden in de film te horen zijn, en één met vijftig minuten originele score van Mark Snow. In zekere zin is de score van Snow voor X- Files die houden van de 'sound' van de tv-serie een teleurstelling, omdat door het overvloedig gebruik van orkest de muziek heel anders klinkt. Aan de andere kant is dit instrumentale album het dichts dat X-Filesfans kunnen komen bij een beluisterbaar album met X- Filesmuziek, aangezien een vorige poging, het album The Thruth and the Light, schier onbeluisterbaar was door de toevoeging van dialogen en geluidseffecten boven zo goed als elke track.
Leuk weetje voor X-filesfans: de cd met de songs van de film bevat na de laatste track een speciale verborgen track met daarin een monoloog van Chris Carter waarin hij enkele 'geheimen' van de X-Files verklapt.