Geloof het of niet, maar Tim Burton was oorspronkelijk van plan om in dit post-Jurassic Park-tijdperk stop-motion te gebruiken voor zijn buitenaardse aanvallers, en hij had hiervoor reeds een zestig man sterke ploeg bijeengezocht. Industrial Light & Magic was ook al in het project betrokken, maar zou in eerste instantie enkel verantwoordelijk zijn voor de integratie van de stop-motion animatie in de live-action opnames.
De animatoren van ILM maakten echter een demo van een marsmannetje en Tim Burton was zo onder de indruk dat hij prompt zijn stop-motion-ploeg op straat zette, en met ILM in zee ging. Een situatie die ons doet terug denken aan wat er met Jurassic Park gebeurde toen Steven Spielberg een dino-demo zag, en door zijn beslissing om voor CGI te gaan (ongewild) de fx-wereld in rep en roer zette.
Een aantal miniatuursets en stop-motion poppen waren reeds gemaakt, en ILM maakte daar dankbaar gebruik van. De poppen werden ingescand, en werden in de miniatuursets gebruikt als voorbeeld voor de animatoren. Een aantal buitenaardse omgevingen (de binnenkant van de ruimteschepen) zijn dus modellen, maar daar waar interactie nodig was richtte men zich tot het computerdepartement.
Tim Burton, die als een groot stop-motion liefhebber bekend staat (hij heeft niet voor niets The Nightmare Before Christmas en James And The Giant Peach geproduceerd) had vooral schrik voor de 'perfectie' van de computer: te vlotte bewegingen, te clean. Maar met de originele Topps kaarten in het achterhoofd toverden de animatoren marsmannetjes uit hun computer die tegelijkertijd totaal onwerkelijk (en dus helemaal niet menselijk zijn), maar tegelijkertijd ook hilarisch. De computeraanpak had trouwens nog een leuk praktisch voordeel: nu moesten de animatoren de helm van de ruimtewezens niet telkens afzetten om het hoofd te animeren...
Ook van de partij waren de relatief nieuwe Warner Digital Studio's. Daar waar ILM zich bezig hield met de ruimtewezens zelf zorgden zij voor de ruimteschepen. Zo is de beginscène uit de film van hun hand, en die bestaat uit een groot model van een Mars-landschap, en computergegenereerde openingen en vliegende schotels. Op het einde van de film werden trouwens ook een aantal miniatuur-schotels gebruikt.
En dan is er natuurlijk nog het vernietigend effect van de buitenaardse wapens, en de experimenten die op Pierce Brosnan en Sarah Jessica Parker worden uitgevoerd. Dat laatste is trouwens het resultaat van heel wat blue-screen werk, en een computerhond.