Terwijl Industrial Light and Magic de opdracht kreeg om onder toezicht van Eric Brevig zo'n 250 effecten af te leveren, werd meervoudig oscarwinnaar Rick Baker met zijn firma Cinovation Studio ingelijfd om diverse buitenaardse wezens met behulp van poppen tot leven te brengen.
Zijn eerste bijdrage krijgen we reeds in het begin van de film te zien. Wanneer een aantal agenten een truck met illegale Mexicanen tegenhouden blijkt één van hen een buitenaards wezen te zijn. Baker maakte hiervoor een door een acteur gedragen kostuum, terwijl twee poppenspelers via radiobesturing voor de gelaatsuitdrukkingen zorgden. Omwille van praktische en veiligheidsredenen kon men de acteur niet laten hardlopen in het pak. De animatoren van ILM maakten dan maar een digitale dubbelganger.
Iets later kwam ILM voor een nog veel zwaardere opdracht te staan toen het hoofd van een andere alien tot gruzelementen werd geschoten: het hoofd moest namelijk teruggroeien. De gelaatsuitdrukkingen van de acteur werd hiervoor ingescand en op een computermodel geplaatst. De uitdaging bestond erin om zo geloofwaardig mogelijk een mens te immiteren, en hiervoor werd vooral veel aandacht besteed aan de ogen, het haar en de huid.
Het aantal buitenaardse wezens was zodanig groot dat Baker noodgedwongen extra hulp moest inroepen. Zo kwamen ook XFX Inc., MEFX Inc. en K.N.B. Inc, aan boord met als resultaat een aantal memorabele zonderlingen. De grappigste zijn ongetwijfeld een aantal aliens tijdens hun koffiepauze. Per pop zorgden telkens twee poppenspelers voor de nodige hilariteit. Later werden nog een aantal computergegenereerde versies gemaakt om een aantal cameo's mogelijk te maken.
The Fifth Element bewees reeds dat geloofwaardige miniaturen nog steeds kunnen wedijveren met de computers, en ook voor Men In Black greep men nu en dan nog terug naar deze veelbeproefde illusie. Zo racen de twee protagonisten in een digitale auto doorheen een miniatuurtunnel, en ook de spectaculaire UFO-crash (die ook te zien is in de trailer van de film) werd met behulp van een uit de kluiten gewassen model in beeld gezet.
Een andere crash was dan wel weer computergegeneerd, terwijl men voor de impact met een auto een wel zeer drastische weg volgde. De auto werd bovenop houten kratten in een put gezet, waarna men een loodzware bal op de constructie dropte...