Hoe bizar de film ook is, Eraserhead bevat wel degelijk een nog vrij eenvoudig verhaal. Henry wordt op een avond uitgenodigd voor een etentje bij de ouders van zijn vriendin, Mary X. Echt gezellig gaat het er niet aan toe: de verschillende personages zijn niet in staat om een normaal gesprek met elkaar te voeren, er gebeurt iets akeligs met de kip die Henry wil aansnijden en op het einde van de avond beweert Mrs. X dat hij de vader is van Mary's "baby". Henry's leven ondergaat nu een grote verandering: tot zijn grote afgrijzen blijkt de baby een te vroeg geboren monstertje te zijn, dat dag en nacht voedsel en aandacht nodig heeft. Mary is bij hem ingetrokken en wordt langzaam maar zeker gek door het niet aflatende gejank van het wezentje. Tenslotte besluit ze om man en "kind" in de steek te laten, wat catastrofale gevolgen heeft.
Uit deze samenvatting valt al een eerste thema te distilleren: het onvermogen van de verschillende personages om met elkaar te communiceren. Er wordt inderdaad niet veel gesproken in deze film en het merendeel van de gesprekken, die toch ontstaan, zijn kort of absurd. Hierdoor kunnen de mensen nog moeilijk relaties met elkaar aanknopen of onderhouden. Met andere woorden, de mensen zijn vervreemd geraakt van elkaar. Dat wordt trouwens benadrukt door de desolate wereld waarin ze leven: grauwe en sombere huizen en appartementen staan temidden van industrieterreinen en fabrieken, waar dag en nacht het geklop en gesis van machines overheerst. Ook Henry's appartement ziet er allesbehalve knusjes uit: het enige raam geeft uit op een muur en in plaats van planten zijn er twee hoopjes aarde waarin een paar takken staan.
Naar verluidt haalde David Lynch zijn inspiratie voor deze setting uit zijn eigen omgeving. Voor zijn hogere studies - eerst schilderkunst, later film - was hij naar Philadelphia getrokken; wegens geldgebrek woonde hij er in de verpauperde industriewijken. De spookachtige beelden, geïnspireerd door dit milieu, worden in Eraserhead overigens benadrukt door de sobere soundtrack en zwart-witfotografie.
Voorts is de film doorweven met verschillende bizarre beelden, waarvoor het minder evident is om een verklaring te vinden. Zo hebben heel wat critici zich te pletter gedacht over de betekenis van een terugkerende fantasie van Henry. Hij droomt namelijk over een vrouwtje dat in zijn radiator woont, over de hemel zingt en tussendoor sperma plattrapt. Er zijn nog andere beelden die doordrongen zijn van seksualiteit. Zo zien we bijvoorbeeld hoe Henry in een andere droom enorme zaadcellen tussen de benen van zijn vriendin haalt en tegen de muur gooit. Al deze beelden hebben met elkaar gemeen dat Lynch seks met viezigheid associeert; dit onderstreept het onvermogen van Henry om verantwoordelijkheid op te nemen tegenover een relatie en vaderschap.
Door al deze visuele pracht is het gemakkelijk om de zwarte humor in de film te negeren. De scène waarin Henry de lift neemt of waarin hij een normaal gesprek probeert aan te knopen met zijn schoonouders zijn hiervan prachtige staaltjes. Overigens zijn heel wat filmkenners het er ondertussen over eens geworden dat Lynch Eraserhead met opzet vol on(be)grijpbare beelden heeft gestoken. Niet zozeer om de critici de loef af te steken of om zijn kunnen te demonstreren, maar om een film met een 'open' betekenis te maken. Met andere woorden: in plaats van een film te maken met een kant en klare interpretatie heeft hij een uitdaging gecreëerd voor de kijker, die zijn eigen betekenis moet geven aan de film.
Dit is trouwens geen alleenstaand feit, in tegendeel, het is zowat de rode draad in Lynchs oeuvre: ook in zijn recente werken zoals Lost Highway en Mulholland Drive laat hij die 'vrijheid' toe. Een verschil met Eraserhead is dat de regisseur nu over grotere budgetten kan beschikken. Voor zijn debuut had hij 20.000 dollar ter beschikking, want meer stond het American Film Institute niet toe. Toen in Lynch in 1972 begon te filmen bestond het script uit een twintigtal pagina's; na vijf jaar had hij, met de hulp van vrienden en familie, een film van 90 minuten af. En de toeschouwer mocht nu zelf beslissen of Eraserhead nonsens of een meesterwerk was.